В подмножестве экосистемы Java, относящейся в основном к JNI (без которого никуда не деться, если приходиться интегрироваться с каким-то legacy или просто редким и специфическим кодом, написанном на С или каком-то другом языке), есть такое понятие, как java.library.path. Вкратце, это в некотором роде аналог classpath, только не для Java классов и *.jar файлов, а для нативных библиотек — системное свойство, которое указывает JVM, где искать эти самые нативные библиотеки (.dll в винде или .so под юниксами).

Свойство это устанавливается один раз, перед запуском JVM, через глобальные system properties, или как ключ -Dname=value для JVM, и после этого оно становится read-only. Точнее, менять-то его можно, но никакого эффекта на работу программы это не окажет, т.к. после того как вы обновите это свойство, JVM не перечитает его и не будет использовать новое значение.

Под катом — про то, как все таки поменять это свойство в рантайме, и немного о том, как собственно работает загрузка нативных библиотек в Java.